토양이 건조하게 되면 토양 중에 있는 양분이 흡수 이용하기 어려운 불가급태로 되어 생육에 지장을 주며, 파종후나 월동시에 건조하면 뿌리의 발육이 불량하여 동해를 받게된다. 특히 한지형 마늘의 월동율은 파종후 10, 11월의 강수량과 밀접한 관계가 있어 해에 따라서는 50%이하의 월동율을 나타낼 경우도 있다.
마늘은 특히 마늘통의 비대기에 다량의 수분을 요구한다. 마늘통이 비대하는 시기인 4∼6월은 상습적인 가뭄으로 인하여 토양이 건조한 상태이므로 구비대 최성기인 약 1개월 가량 난지형 마늘은 4월 하순∼5월 중순, 한지형 마늘은 5월 중순∼6월 중순까지는 충분히 물을 대주어 마늘의 비대가 정상적으로 이루어지도록 관리해야 한다.